אפשר להגיד על נגיף הקורונה הרבה מאוד דברים רעים אבל אי אפשר להתכחש לזה שמדובר בנגיף די יפה. הודות לנתונים חדשים וכלי הדמיה חדשניים, כעת אנחנו יכולים להביט במבט הקרוב ביותר שניתן לנו עד כה ב-SARS-CoV-2, שהצליח להדביק לפחות 50 מיליון אנשים ברחבי העולם עד כה.
מדענים פיתחו עיבוד תלת מימדי חדש של SARS-CoV-2, נגיף הקורונה העומד מאחורי מגפת ה- Covid-19, תוך שימוש בנתוני המיקרוסקופ האחרונים ובספקולציות מדעיות, אותם יהיה ניתן לעדכן עם הימצאותם של ממצאים חדשים.
נגיף הקורונה הוא זעיר מאוד וקוטרו מוערך בכ-120 עד 160 ננומטר. זה קטן פי מאות מהחיידקים הממוצעים או כדוריות הדם האדומות של האדם. בגלל קוטנו של הנגיף, לא פשוט לערוך לו הדמיות שלא יפספסו את הפרטים הקטנים ויפגעו ברמת הדיוק. עם זאת, באמצעות כלי שפותח לאחרונה, אותו יצרו חוקרים מאוניברסיטת המלך עבדאללה למדע וטכנולוגיה (KAUST) בערב הסעודית, הצליחו להציג רכיבים בתוך הנגיף בגודל של 10 עד 100 ננומטר בלבד.
"המודל התלת-ממדי שלנו מדגים את המבנה הנוכחי העדכני ביותר של ה-SARS-CoV-2 ברמה האטומית ומגלה פרטים על הנגיף שלא היה ניתן לראות בעבר, כמו איך אנו חושבים שחלבוני נוקלאוקפסיד יוצרים מבנה דמוי חבל בתוכו", אמר אנדריי סטרנאד, מחבר המחקר ומדען המחקר מ-KAUST, בהצהרה.
נגיפי הקורונה ידועים לשמצה בחלבון הדוקרן שלהם, הכלי העיקרי שבו הם משתמשים כדי להיקשר לתאים ולפלוש אליהם. השם של הנגיף נגזר מהמילה הלטינית "קורונה", שפירושה "כתר", תוך התייחסות לדוקרנים דמויי כתר המצפים את פני השטח. הדמיה חדשה זו הולכת צעד רחוק יותר מאשר רק להראות את פני הנגיף, אלא מנסה למפות את החלק הפנימי הפחות מוכר שלו.
עוד בוואלה!
"המודל שלנו מציג את התשתית הוויראלית השלמה כפי שאנו מכירים אותה עד היום, ולא רק כמה חלבוני דוקרן שלמים הממוקמים באופן שרירותי על קרום השומנים בדם", אמרה נגן נגוין, מחברת המחקר הראשית וסטודנטית לתואר שלישי במדעי המחשב ב-KAUST. "מודלים זמינים אחרים אינם מראים את פנים הנגיף, מכיוון שפרטיו המדוייקים אינם ידועים כרגע. מכון המחקר Scripps בארה"ב, אחד המרכזים הוותיקים והגדולים ביותר בעולם לחקר האוקיינוסים ומדעי כדור הארץ, סיפק לנו את ההשערה הסבירה ביותר למבנה הנבנה על סמך נתונים עכשוויים. אם יוכח כי השערה זו אינה מדויקת, נוכל לעדכן את המודל בקלות", הוסיפה נגוין.
הפרויקט החדש מרשים, אך לא מדובר ברק תמונות יפות. החוקרים מקווים כי עבודתם יכולה לשמש חוקרים אחרים כדי להבין טוב יותר את הנגיף ולמצוא דרכים להתמודד עם ההתפרצות המתמשכת. לדוגמא, להבין את צורתו של חלבון הדוקרן הוא אחד הרמזים העיקריים למציאת תרופות שיכולות למקד לנגיף ולחסום את כניסתו לתאים שלנו.