סיפור יציאת מצרים הוא אחד מהסיפורים ההיסטוריים המעניינים שהעסיקו במשך שנים רבות לא רק מאמינים, אלא גם חוקרים רבים ברחבי העולם. מדענים ניסו במרוצת השנים לתת הסבר מדעי למכות שניתכו על המצרים. התורה אינה המקור ההיסטורי היחיד לאירועים הללו, אותו רצף של אירועים טרגיים שפקדו את המצרים מתואר גם במגילות המכונות פפירוס איפואר, המתארות מנקודת מבטו של תושב מצרי את שרשרת התהפוכות שהתרחשו במצרים וכללו: רעב, בצורת, בריחת עבדים ומוות בכל רחבי הארץ. חוקרים מאמינים כי גילו ראיות לכך ששרשרת של אסונות טבע אמיתיים שפקדו את מצרים יכולה להסביר את עשר מכות מצרים, שעל פי הנרטיב התנ"כי, אפשרו בסופו של דבר למשה לשחרר את בני ישראל מעבדות.
"והיה על האדם ועל הבהמה לשחין פרח אבעבעת בכל ארץ מצרים.." (שמות, ט', ט)
התיאור המקראי הינו כללי ביותר ולכן חוקרים שונים העלו סברות שונות באשר למהות המחלה שמכונה שחין. חוקרים מסויימים טוענים כי השחין הוא למעשה מחלה דלקתית של השכבה החיצונית של העור, מה שכיום מכונה אקזמה. אקזמה נגרמת לרוב כתוצאה ממגע עם אלרגן כלשהו. המחלה באמת מתבטאת באדמומיות בעור וגרד והיא אף עלולה להחמיר ולגרום לשלפוחיות על גבי העור, בדומה לאבעבועות שמתוארות במכה השישית. בבהמות קיימת מחלה דומה לאקזמה אשר נגרמת לאחר מגע עם חומר רעיל בשם sporidesmin, שמופק על ידי פטריה שקרויה Pithomyces chartarum שיכולה להימצא בצמחי מרעה וגורמת להופעת פריחה על גבי הפנים והחוטם.
מחלה נוספת שמשותפת לאנשים ולבעלי חיים היא מחלת הנחרת. מדובר במחלה זיהומית הנגרמת על ידי החיידק Burkholderia mallei . למרות שבני אדם יכולים לחלות במחלה, נחרת היא בעיקר מחלה של חיות משק כמו סוסים, חמורים, עזים, כלבים וחתולים. החיידקים שגורמים לנחרת מועברים לבני אדם באמצעות מגע עם רקמות או נוזלי גוף של חיות נגועות. זיהום מקומי גורם להופעת שלפוחיות וכיבים באתר שבו החיידקים נכנסו לגוף.
מחלה חשודה אחרת היא הצרעת. מדובר במחלה קשה שבמסגרתה זיהום עורי שנגרם על ידי חיידק ממשפחת המיקובקטריה (קרוב משפחה של השחפת). החיידק השכיח ביותר שנקשר לצרעת הוא ה- Mycobacterium leprae אשר מוביל להיווצרות של גרנולומות (מבנים גושיים) בעור וגורמים לעיוותים משמעותיים במראה. חיידק זה עלול לגרום לתחלואה בחיות ובבני אדם כאחד .
מחלה נוספת שעשויה להיות מיוחסת לשחין היא אבעבועות שחורות. מדובר על מחלה זיהומית קשה ומדבקת ולעתים קטלנית, שנגעיה השלפוחתיים מופיעים על גבי הפנים והגוף. התפרצויות של אבעבועות שחורות תועדו כבר לפני אלפי שנים, אבל המחלה עברה מיגור מלא אחרי תכנית חיסון מוצלחת ברחבי עולם .
המגיפה שלאחר מות הצפרדעים
אפשרות נוספת היא אנתרקס, שקרויה בעברית גחלת. זוהי מחלה זיהומית חמורה הנגרמת על ידי חיידקים גרם - חיוביים , שמכונים anthracis Bacillus. אומנם המחלה מוכרת כיום בעיקר בהקשר של לוחמה ביולוגית וטרור ביולוגי, אולם האנתרקס נמצא באופן טבעי באדמה נפוצה. אנשים יכולים לחלות באנתרקס אם הם באים במגע עם בעלי חיים נגועים או מוצרים מזוהמים מן החי.
תיאוריה נוספת גורסת כי לאחר השינוי במי הנילוס ומות הצפרדעים הופיעו יתושים, זבובים וחרקים אחרים ששגשגו בהיעדר טורפיהם הטבעיים, הצפרדעים. על כן, מדענים אחדים טוענים כי המכות החמישית והשישית - הדבר והשחין - יכולות להיות מחלות שמועברות על ידי חרקים. אחת הידועות שבהן היא המלריה. תיאוריה נוספת מציינת כי לאחר מכת הדם נמנעו האנשים מלרחוץ במי הנילוס וההיגיינה הירודה הובילה לזיהומים רבים יותר בעור.